Nagu paljudele koolidele, pani Palupera Koolile aluse 1765. aasta koolipatent. See nõudis igasse mõisa ja kihelkonda kooli asutamist. Seda seadust aga igal pool ei rakendatud.

Olemasolevate andmete põhjal alustas kool tegevust 1776. a. Kahjuks on tollase kooli asukoht teadmata. 1930. aastal arutati korduvalt koolimaja halba seisukorda ja peeti vajalikuks leida koolile uued ruumid. Pikkade vaidluste järel otsustati kooli ületoomine Palupera mõisahoonesse, mille tollane Põllutööministeerium andis vallale tasuta.
10.  septembril 1933 peeti suured kolimistalgud, kooli kogu inventar mahtus 12 hobuvankrile.17 septembril peeti suur avapidu.

Mõisahoone juurde kuulub kaunilt kujundatud park.

Erinevatel aegadel on kool kandnud erinevaid nimesid - Palupera Algkool, Palupera Mittetäielik Keskkool, Palupera 7- klassiline kool, Palupera 8 - klassiline kool, Palupera 9 - klassiline kool. Praegune kool töötab põhikoolina (9 klassi). 2001. aastal liideti Palupera Põhikoolile Palupera Vallavolikogu otsusega Nõuni Algkool. Aastast 2005 Nõunis õppetööd  ei ole.

G.A.Schultz'i litograafia Palupera mõisahoonest u 1858 aastal (Ajaloomuuseumi kunstikogust)